中药学院始建于1985年，其前身是沈阳药学院中药系。学院现设有天然药物化学系和中药系。学院还设有学生实验中心、中药标本馆、药用植物园。
学院拥有国家中医药管理局中药化学和中药质量控制两个三级实验室、教育部与辽宁省创新药物研究与设计重点实验室、辽宁省中药现代化工程技术研究中心、中药资源研究与开发重点实验室、辽宁省天然药物提取分离与工业制备工程技术中心。还有沈阳药科大学与日本北海道药科大学共建的中成药分析研究室、沈阳药科大学与韩国东亚大学共建的中韩分子生药学研究室。
学院有药学和中药学两个一级学科博士学位授权点，十个二级学科博士点和药学博士后流动站。天然药物化学、生药学、中药学科都为省级重点学科，其中天然药物化学学科被辽宁省列为冲击国家重点学科的26个学科之一，中药学科为辽宁省重点发展的50个学科之一。中药资源学为辽宁省优势特色学科。天然药物化学被评为国家级精品课，生药学、有机化合物波谱解析、药用植物学被评为省级精品课，中药制剂分析学被评为校级精品课。中药学专业为国家级特色专业。天然药物化学团队为省级优秀教学团队，中药化学实验中心为省级教学示范中心。
学院现有教职工74人，其中专任教师48人。教师中有中国工程院院士1人，教授13人，副教授21人，97.9%的教师具有博士学位。教师中有辽宁省百千万人才工程百人层次7人，千人层次4人。学院教师实力雄厚，基础坚实，具有丰富的教学经验和很强的科技创新能力，在中药及天然药物活性成份研究领域处于国内外领先水平。近三年来承担国家重大科学研究计划项目7项， 国家授权专利53项，承担国家省市纵向课题157项，其中国家自然基金项目19项，发表SCI文章430余篇。
学院积极开展国际合作与交流，多次邀请国外知名专家来校讲学，积极选派青年教师到国外参加进修学习，促进了学科发展。先后承办第六届中日韩生药学国际学术研讨会、第十一届中药和天然药物学术研讨会、第十二届全国中药标本馆学术研讨会和第九届中国中药鉴定学教学研讨会等会议，为中药学的发展做出了积极的贡献。目前学院与美国，英国，葡萄牙，日本，韩国等多个国家的大学及研究机构建立了良好的合作关系，每年选派优秀本科生，研究生赴国外进行交流。