马克思主义学院是直属学校领导的二级教学和管理机构，是学校马克思主义理论学科点的依托单位。其前身为云南农业大学马列主义教研室，1991年改建为社会科学部，1993年更名为人文社会科学部，2001年成立人文社会科学学院，2011年4月独立设置思想政治理论教研部，2013年5月更名为马克思主义学院。
学院主管全校本科生、硕士研究生和博士研究生思想政治理论课的改革与建设。面向本科层次开设全校公共课《马克思主义基本原理概论》、《中国近现代史纲要》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》、《思想道德修养与法律基础》、《形势与政策》及相关选修课程。面向硕士研究生、博士研究生开设公共课《自然辩证法》、《中国特色社会主义理论与实践研究》、《中国马克思主义与当代》。
学院现有教职工37人，其中教授3人，副教授18人，讲师15人，助馆1人。学院下设5个教研室、3个研究所（中心）、3个办事服务机构。5个教研室：马克思主义基本原理概论教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、中国近现代史纲要教研室、思想道德修养与法律基础教研室、形势与政策教研室。3个研究所（中心）：科学技术史研究所、马克思主义与“三农”问题研究中心、南亚东南亚政党研究中心。3个办事服务机构：党群办公室、综合办公室、学位与研究生教育办公室。
学院有科学技术史一级学科硕士点1个，有马克思主义基本原理、科学技术史、中国地方农业科学技术史、少数民族科学技术史二级学科硕士点授权点4个，在校硕士研究生60多人。
学院明确提出以教学为本、科研为支撑、学科为龙头、师资为核心、党建为保障的办院思路，积极推进教学研究型学院建设，通过全院教师的共同努力，在教学改革、科研立项、队伍建设、党建工作等方面取得了显著的成绩。