环境工程专业隶属于环境科学与工程一级学科。1987年开始招收本科生（原江汉石油学院），是当时石油院校中第一个获教育部批准招收环境工程本科专业院校。2003年经教育部批准组建长江大学，由原江汉石油学院、湖北农学院等相关环境专业整合组建环境工程系。2003年获批“环境工程专业”二级学科硕士点；2011年获批“环境科学与工程”一级学科硕士点（含环境工程、环境科学专业）。
环境工程系现有教职工12人，其中教授5人，副教授2人，博士6人，硕士3人，硕士生导师5人,博士生导师1人。承担研究生、本科生课程36余门，现有全日制在校学生230人(含硕士研究生)，其中本科生218名，硕士研究生12名。
环境工程系技术力量雄厚，仪器设备先进。实验室总面积1000多平方米，实验仪器设备总价值350多万元。拥有国家石油石化污染物控制与处理重点实验室、中国石油HSE重点实验室、中央与地方共建环境化学研究中心、校企共建的微生物采油湖北省工程研究中心、校级油气田环境保护研究所、校级农村环境保护咨询服务中心。承担国家重点攻关项目、省部级重点攻关项目10余项，先后获得省部级科技进步一等奖2项，二等奖2项，三等奖2项，获批专利10余项。在国内外公开出版的刊物上发表论文近200篇，其中SCI、EI收录30余篇，出版专著5部。
环境工程系主要研究方向：油气田环境保护、水处理技术、石油环境微生物技术、能源环境科学、农业环境保护技术、固体废物处理与处置等。