重庆大学药学院成立于2015年12月。面向国家和重庆市生物医药产业发展的重大需求，重庆大学创新药物研究中心于2011年5月成立。随着创新药物研究中心快速发展和围绕重庆大学综合改革、争创“双一流”建设目标的战略布局，2015年12月，重庆大学整合校内药学相关资源，在创新药物研究中心建设的基础上成立重庆大学药学院，创新药物研究中心作为科研平台机构与药学院合署办公，实行一套班子两块牌子的运行模式。
药学院下设天然药物化学、药物化学、药理学、药物分析、药剂学和生药学6个学科方向。现有教职工42人，其中教师系列28人，教师系列中教授/研究员14人、副教授/副研究员6人，具有博士学位的教师28人，具有海外经教师23人，学院还有在站师资博士后2人。学院现有国家“万人计划青年拔尖人才”1人，国家自然科学基金“优秀青年科学基金”获得者2人及其他国家级专家2人，教育部跨世纪优秀人才1人，重庆市百人计划2人，国务院政府特殊津贴获得者1人。
学院现有在校学生356人，其中博士研究生64余人（含外籍博士）、硕士研究生115人，本科生177人。
药学院现拥有药学一级学科硕士学位授权点，与化学化工学院联合共建“化学工程与技术”一级博士学位授权点。学院设三个系，分别为：药物化学系，药理与药剂学系，药物分析、药物设计与天然药物学系。
药学院现拥有科研及实验用房总面积近7000平米，拥有国际先进的大型分析测试20余套，价值3000余万元。现正建设国际一流的药理学学科平台，届时将拥有成套实验设备50余套，价值4000余万元。
药学院目前正在主持国家自然科学基金项目23项，省部级项目20项，重庆市自然科学基金重点项目1项，重庆市科技计划项目基础与前沿研究计划一般项目10项，在J. Am. Chem. Soc., Angew. Chem. Int. Ed. 等国际学术刊物上发表研究论文200余篇。