学校研究生教育始于 1979 年，经过三十多年的发展已形成硕士、博士、博士后多种层次多种类型的中医药人才培养体系。 1984 年起招收博士研究生，同年开展授予具有研究生毕业同等学力在职人员申请硕士学位工作， 1995 年开始招收外国来华留学研究生， 1987 年开展培养医学博士（临床医学）研究生试点工作， 1996 年设立中医学博士后流动站，招收了全国第一位中医学博士后，现设有中医学、中药学、中西医结合、药学 4 个博士后科研流动站； 1998 年被确定为临床医学专业学位教育试点单位，具有临床医学博士、硕士专业学位授予权。 2000 年经教育部批准开办了本硕连读七年制中医学专业， 2008 年获得推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生资格，形成了博士、硕士、本硕连读、在职申请学位以及博士后多种层次多种类型的中医药人才培养体系。我校中医学、中药学、中西医结合和药学 4 个一级学科均具有博士学位授予权，居于全国同类院校的前列，这 4 个学科覆盖的 22 个二级学科均具有博士学位授予权；中医学、中药学、中西医结合、药学和护理学 5 个一级学科具有硕士学位授予权，具有硕士学位授予权的二级学科共有 28 个。形成了基础与临床、中医与西医、医学与药学有机结合的研究生教育体系，为高层次中医药人才培养和学校的各项事业的发展奠定了坚实的基础。学校现有博士生指导教师 114 人，硕士生指导教师 375 人。迄今为止，已累计招收研究生 6652 人，现在校博士和硕士统招研究生为 1815 人，其中博士生 266 人，另有留学及港澳台研究生 103 人，以同等学力申请硕士学位人员 271 人；在校各类研究生总规模已达 2455 人；有在站博士后研究人员 124 人，现已毕业并获得学位的研究生有 5828 人，其中博士学位 854 人，授予同等学力在职人员硕士学位 1012 人，出站博士后 104 人。毕业生遍布全国各地和十几个国家和地区，许多人已成为所在单位学术、业务骨干、国家级、部省级重点学科带头人、博士、硕士研究生指导教师、国家或省级重点科研项目的主持人，或已走上重要领导岗位。多人获得全国优秀教师、全国先进工作者、国家级百千万人才工程一、二层次人才、全国百名杰出青年中医、国家有突出贡献的中青年专家、全国中青年科技之星等光荣称号，为中医药事业发展做出了重要贡献。
　　学校一直坚持 “ 以质量求生存，以特色求发展 ” 的方针，逐步完善了研究生管理体制和运行机制。重视人才的选拔，坚持在考核知识的同时考核能力；注重导师队伍建设；完善管理制度，不断探索与完善临床医学研究生的培养模式。建立了校企合作培养研究生的新机制，与哈药集团中药二厂和哈尔滨 242 医院建立了研究生培养创新示范基地，着重培养研究生创新科研能力。初步建立了学位授予质量保障体系，在国务院学位委员会中医学、中药学学科评议组织的博士培养质量调研评估中，获得高度评价。在 2008 、 2012 年度全国百篇优秀博士学位论文评选中，我校中药学专业匡海学校长指导的博士研究生杨炳友、夏永刚学位论文分别获得全国百篇优秀博士学位论文， 2009 年王喜军副校长指导的博士生张宁学位论文获得全国百篇优博论文优秀提名论文，这标志着我校的研究生培养质量已达到全国同类院校的领先水平。研究生教育的发展也大大促进了学校的学科建设，一流的大学要有一流的研究生教育，已成为全校上下的共识。
　　学校将在 “ 深化改革，积极发展；分类指导，按需建设；注重创新，提高质量 ” 的学位与研究生教育工作的基本方针指导下，以学科建设、导师队伍建设和条件建设为重点，以提高培养质量为目标；积极稳步扩大教育规模，更新教育观念，深化教育教学改革，突出创新能力的培养；加强培养基地和导师队伍建设，加强专业学位教育工作，改革研究生的培养制度和培养模式，进一步建立有利高层次人才成长的管理体制和机制，提高培养质量，增强中医药高层次人才在国内外的竞争能力，把学校真正建成高层次中医药人才的培养基地和实现中医药现代化的知识、技术创新基地。