新疆大学于20世纪60年代正式组建马列主义教研部，90年代更名为社科部。2006年1月社科部与政治、公共管理等相关专业系合并，成立政治与公共管理学院。2011年独立设置马克思主义学院。
目前，学院在编教职工63人，专任教师57人，兼任教师18名。现设有6个教研室：马克思主义基本原理教研室、思想道德修养与法律基础教研室、新疆历史与民族理论政策教程教研室、中国近现代史纲要教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、形势与政策教研室。设有马克思主义理论一级学科博士点，博士后流动站，马克思主义理论、哲学一级学科硕士点2个，马克思主义民族理论与政策二级学科硕士点1个。已形成硕士、博士、博士后流动站等较为完备的高层次人才培养体系。
2016年11月新疆大学马克思主义理论学科获批自治区“十三五”高峰学科。2017年新疆大学进入全国“双一流”大学建设行列，马克思主义理论学科进入“一流学科”建设行列。2017年12月全国第四轮学科评估结果中，马克思主义理论位列B档学科，排名66位，28.57%，进入前30%。
学院有多个科研与教研平台：“新疆大学习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心”、“新疆意识形态安全研究中心”、 “自治区高校基层党务工作者研修基地”。有全国高校思政理论课教学科研团队择优支持计划1项、自治区优秀教学团队1个。自治区精品（重点）课程3门，国家级精品资源共享课1门。
近三年来，学院承担了与马克思主义理论相关的各级各类科研课题50余项，其中1项为教育部重大课题攻关项目，1项为国家社科基金重大项目（研究和阐述19大精神专项课题），课题研究总经费300万元。出版学术专著、教辅教材8部，在《思想理论教育导刊》《社会主义研究》等学术期刊发表论文200余篇，多篇被《人大复印报刊资料》全文转载。获各级各类教学科学研究奖15项。
学院秉承“追求真理、崇尚科学、立德树人、服务社会”的发展理念，坚持以人才培养为目标，以“立德树人”为根本，发挥学科建设对思想政治理论课教育教学的支撑作用，教学与科研并举、学科建设与人才培养并重，努力把学院建设成为与“双一流”大学相适应的高水平马克思主义学院，建成在全国有重大影响力的思想政治理论教育教学基地、马克思主义理论研究基地、马克思主义理论高层次人才培养基地。