日语系与深圳大学这所特区窗口大学共同成长，1983年开始面向全校的日语教学，1995年正式建系，每年招收本科生40-50名。2012年设立硕士点，每年招收日语语言、文学文化、日语教育三个研究方向6-8名学生。现有专任教师13名，其中有博士学位的教师10名。

本系实施“零起点”教学，采取“语言技能+专业方向”培养模式，注重“听说读写”基本功的学习与训练，培养实用型人才。同时注重人文修养的熏陶，高年级辅助开设日语语言学基础、日本文学文化概论、日本文学经典选读、日本历史、日本哲学思想等专业课程，丰富学生的知识结构，培养学生思考能力和学术研究意识。

本系与明治大学、立命馆大学、大阪大学、神奈川大学、早稻田大学等多所日本名校建立了友好交流，每年派遣交换留学生公费或自费赴日留学，并与札幌大学合作建立了2+2双学位双校园培养项目，为学生提供多种留学深造途径。

2016年6月本系成立外国语学院东亚研究中心。中心立足深圳，服务地区，放眼东亚与世界，运用文学、历史学、哲学等人文社科研究方法，摸索东亚社会文化的总体特征，探寻其文化流动与发展的内在文化机理，探索新时期东亚研究的新路径。每年邀请海内外知名学者和青年学人进行学术交流，建立广泛的学术合作研究。