历史系成立于1925年，为云南大学最早设置的系之一。目前，历史系拥有1个“全国普通高校文科基础学科人才培养与科学研究基地”，1个专门史国家重点学科，1个一级学科博士学位授权点（中国史），1个二级学科博士学位授权点（世界史），1个博士后科研工作流动站（历史学），10个硕士学位授权点，1个专业硕士学位授权点（文物与博物馆），3个省级重点学科（中国民族史、中国经济史、专门史）以及云南省哲学社会科学—“云南滇学研究基地”，已形成较完善的学科体系和发展平台。历史系现有4个教研室（中国古代史、世界史、中国民族史、中国近现代史），现设系所结合性质的研究所4个（中国经济史研究所、西南古籍研究所、西南环境史研究所、民族考古研究与文物评估中心），设有资料室1个。

历史系秉承学校办学宗旨，以立德树人为根本，强调夯实基础，突出边疆地方特色，以培养科研与实践相结合的创新型人才为宗旨，着力培养基础扎实，学行兼备，能力全面的高素质创新型、复合型人才，力争将我院历史学专业打造成全国一流的历史学人才培养与科学研究基地。