云南农业大学动物医学院的前身是国立云南大学农学院畜牧系，始创于1950年，1960年在小哨建立云南畜牧兽医学院，1961年云南畜牧兽医学院、昆明农学院和昆明林学院三个学校合并为昆明农林学院小哨分院，1964年迁至昆明农林学院本部黑龙潭成立畜牧兽医系，1969年搬迁至大理宾川县，1970年迁至寻甸县，1971年2月昆明农林学院畜牧兽医系与云南农业劳动大学畜牧兽医系合并成立云南农业大学畜牧兽医系，1979年由寻甸县迁至昆明市黑龙潭旁，1995年成立云南农业大学动物科学技术学院，2017年7月成立云南农业大学动物医学院。学院下设基础兽医学系、预防兽医学系、临床兽医学系3个系，有1个动物医学实践教学中心、1所学院附属动物医院。学院以本科教育为主，同时积极拓展研究生教育，2018年有全日制在校本科生744人，学术硕士研究生108人。
学院现在编教职工53人，学科62人，其中教授16人、副教授16人，硕士生导师27人，博士生导师3人，高级实验师5人，获博士学位27人，硕士学位人24人，云岭学者1人，云南省中青年学术和技术带头人及后备人才 3人，云南省学术技术创新人才1人，基础兽医与预防兽医学省级重点学科带头人1人，教育部骨干教师1人，新中国60年畜牧兽医科技贡献奖（杰出人物）1人，云南省教学名师 1人，云南省高层次人才特支高校教学名师1人，云南省创新团队 1个，云南省高校创新团队 3个，国务院全国兽医专业学位教学指导委员会委员 1人，产业技术体系岗位专家3人。云南省院士工作站 2个，云南省专家工作站 1个。
2001年基础兽医学与预防兽医学获省级重点学科，2003年被批准为兽医专业学位授权点，兽医专业2007年被列为云南省重点建设专业、2009年列为云南省特色专业建设，2010年兽医学科被国务院学位办列为一级学科学术学位硕士授权点，涵盖预防兽医学、临床兽医学、基础兽医学、兽医公共卫生学4个二级学科硕士点和兽医专硕，2010年动物医学专业实验教学中心被列为云南省高校本科实验示范教学中心进行建设，2011年兽医学被列为云南省“十二五”优势特色重点学科，2016年兽医专业被列为云南省品牌专业建设。
学院围绕云南高原特色养殖业中的动物健康、兽医公共卫生问题和学科前沿领问题开展科研工作，同时利用动物基因编辑和体细胞克隆技术，开展人类重大疾病动物模型的构建及异种器官移植的研究，形成了明显的区域研究优势和特色，并取得了一系列突破性重要成果。魏红江教授团队2013年获得世界第一头孤雌生殖克隆猪，该成果2013年被评为云南十大科技进展，2017年逆转录病毒失活克隆猪成果以封面文章在国际顶级期刊《Science》上发表。
2010年以来承担国家及省部级等科研项目124项，科研经费8291.5万元。其中国家级35项（1725.8万元），国家自然科学基金项目 31项（1397.8万元），973计划项目1项，国家重点研发计划子课题3项，云南省基础研究计划重大项目 1项，云南省对外科技合作计划 1项，云南省基础研究计划重点项目4项，校企等横向项目30项。2010--2018年发表学术论文636篇，其中在Science、Cell和Plos Biology等国际顶级期刊上发表SCI学术论文141篇，单篇最高IF为41.058。主编、参编教程57部，获授权专利34项，科技成果奖14项（教学科研奖3项），含云南省自然科学二等奖（排名第一）1项，云南省自然科学三等奖（排名第一）2项，湖南省技术发明一等奖（排名第四）1项。
学院秉承“开学养正、耕读至诚”的精神，践行“厚德博学、明理尚农”的校训，坚持新时代中国特色社会主义思想办学方向，以本科教育为重点，以学科和科研平台建设为龙头，进一步凝练学科发展方向，大力提高研究生教育，把强化学生专业素质教育和创新能力培养作为办学目标，把培养高素质、复合型动物医学人才作为学院的使命，努力把学院建成为综合实力处于全国高等农林院校同类学院中有影响力的教学科研型学院，为云南高原特色农业发展做出更大的贡献。