植物保护学科为一级学科，有农业昆虫与害虫防治、植物病理和农药学三个二级学科。学科成立于2007年，是国家发改委“生物农药高效制备技术国家地方联合工程实验室”和浙江省“绿色农药”2011协同创新中心两大科研平台的支撑学科之一。学科现有教职工20人，其中教授3人，副教授9人，浙江省新世纪151人才第二层次1人，第三层次1人，浙江省科技特派员2人。特聘教授和青年拔尖人才各1人。

学科以服务浙江农林业为目标，开展农林病虫害预警和治理、农药毒理、抗药性、病虫害检疫、农产品质量安全、有害生物功能基因发掘和利用等方面的应用基础及技术开发研究。目前主要集中于：①昆虫毒理、抗性和昆虫功能基因组，②农林害虫检疫和综合治理，③植物病害防控和杀菌剂抗性，④农产品质量安全分析等研究方向。近五年，学科共获得省部级以上项目30项，各类横向项目100余项，发表研究论文72篇，其中SCI收录27篇，授权专利21项，出版专著教材6部，获得浙江省科技进步奖1项，浙江省林业厅科技兴林二等奖1项。

在人才培养方面，植物保护学科始终以提高培养质量，服务基层为导向，开展本科和研究生培养，并为植物保护、园艺（观赏园艺）、农学（种子科学与工程）等专业提供相关支持。同时，学科也注重对学生科学技能培养，获得浙江省大学生生命科学竞赛奖2项，浙江省第八届“挑战杯”美丽家大学生创业计划大奖1项，第四届浙江省大学职业生涯规划大赛二等奖、三等奖各1项，浙江省大学生高等数学竞赛二等奖1项，指导学生发表研究论文10余篇。学科教师积极进行教学改革与教材编写工作，目前获得校级精品课程2门，出版面向二十一世纪教材2部，国家规划教材2部，十二五规划教材1部。

学科非常重视与地方企事业单位的交流合作，开展检疫性有害生物、白蚁防治技术、植物病害等研究和教学培训。在全国植检干部、浙江省森检干部、浙江省出入境检验检疫局干部培训班、全国白蚁防治中心等单位培训人员3000多人次。扶持和引导农药企业走科学、规范的发展道路，为保护生态环境、绿化浙江作出了贡献。采用网络渠道和现代化方式为浙江农业和林业病虫防治部门、植物检疫部门和农户提供及时和有效的技术咨询。同时，学科依托浙江农林大学农产品安全检测中心，积极开展农产品安全生产指导以及农产品检测服务。

学科注重国际交流与合作，学科教师积极出国访学、参加国际国内学术会议。近五年，先后有5位教师出国进修访问，同时也邀请包括美国北卡罗来纳州立大学、加拿大大湖林业研究所、加拿大圭尔夫大学、中国农科院、浙江大学等国内外知名大学、研究所的教授来校进行学术交流。