马克思主义学院，前身系1998年新疆医学院与新疆中医学院两校合并成立新疆医科大学时设立的人文社会科学部。2017年4月25日成立马克思主义学院，是直属学校领导的独立二级机构。
马克思主义学院是学校意识形态工作的最前沿阵地，肩负着传承发展马克思主义、引领社会主义人才培育，贯彻党中央治疆方略，培养政治合格的医疗卫生事业人才的重要使命。统一开设全校思想政治理论课，统一管理思想政治理论课教师，统一负责马克思主义理论学科建设。是学校本科教学的重要环节。
学院现有教职员工43人，专职教师39人，师生比为1:252。下设学院办公室、教科办和5个教研室：“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”教研室、“思想道德修养与法律基础”教研室、“马克思主义基本原理概论”教研室、“中国近现代史纲要”教研室和形势与政策课教研室。学院拥有1个校级研究平台：“新疆医科大学医学人文研究所”，1个校级对口协作研究中心：2017年成立的“吉林大学——新疆医科大学一带一路民心相通智库”。
学院现有一个二级学科硕士学位授权点（思想政治教育专业）；一个自治区级思政课重点建设课程《毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系概论》，一个校级重点学科“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”。马克思主义理论学科已经被学校确立为重点扶持学科。