自动化专业属于典型的工科专业，所属一级学科为控制科学与工程。研究和应用领域覆盖各个行业，尤其在钢铁、电力、能源、石化、制造业、矿业、纺织、轻工等行业获得广泛而深入的应用，随着时代发展，在环保、现代农业、现代物流、消防、交通、医疗等领域也扮演越来越重要的角色。因此，自动化水平高低是一个国家工业、农业、国防和科学技术现代化的重要标志、是体现新型工业化的重要技术特征。
自动化专业培养的学生要具备控制理论、电子技术、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等较宽广领域的工程技术基础和一定的专业知识，能在工业过程控制、电力电子技术、检测与自动化仪表、运动控制、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域从事系统分析、系统设计、系统运行、新技术研发等方面工作的高级工程技术人才。
  新疆正处在工业化快速发展阶段，一些支柱产业和特色产业如风力发电、太阳能产业、冶金、石油化工、煤化工、特色果蔬业、交通、环境保护等都已经出现超常规的加速发展态势。八一钢铁、金风科技、特变电工、新疆电力、天山股份、众和股份等，以及中石油、中石化、华电、国电、华能、大唐、神华等诸多央企驻疆能源企业、大批具有实力的民营企业等等，无论生产规模、高新技术含量都史无空前，必将有效地推进新疆新型工业化建设进程。工业化的发展带来巨大的自动化人才需求和产学研成果转化需求。
新疆大学自动化专业始建于1953年，1958年开始招收本科生，其专业（名称）历经“工业企业电气化及自动化”、“工业电气自动化”、“工业自动化”到“自动化”发展过程。60年来，经过几代人的努力，现已成为在国内有一定影响的、具有地方特色的、可持续发展的品牌专业、成为新疆自动化领域高级专业人才和管理人才的培养基地。
自动化专业1993年获得控制理论与控制工程学科硕士点授权，2003年获得控制工程（工程硕士）专业学位授权，2005年获得检测技术与自动化装置学科硕士点授权，2007年被列入新疆唯一授权代表国家开展注册自动化系统工程师培训和技能测试的认证机构，2010年获得控制科学与工程一级硕士授权。2010年列入国家级特色专业，2011年列入自治区“紧缺专业”， 2011年被评为控制理论与控制工程校级重点学科，2012年成为自治区级实验教学示范中心。